中醫(yī)科成立于1956年，第一任主任為原上海市十大名醫(yī)之一顧文華老中醫(yī)；1987年，隨后由徐迪三老中醫(yī)接任中醫(yī)科第二任主任；1990年，時(shí)毓民教授擔(dān)任中醫(yī)科第三任主任和中西醫(yī)結(jié)合研究室主任；2000年，俞建教授擔(dān)任第四任中醫(yī)科主任，副主任為沈雅娟副主任醫(yī)師；2005年汪永紅主任接任中醫(yī)科副主任。 60年代中-70年代初，黨和政府號(hào)召西醫(yī)學(xué)習(xí)中醫(yī)，兒科醫(yī)院許多高年資西醫(yī)均接受過顧文華、徐迪三老中醫(yī)的中醫(yī)基礎(chǔ)知識(shí)培訓(xùn)。目前，兒科醫(yī)院許多有名的老教授在內(nèi)科、外科等領(lǐng)域還運(yùn)用當(dāng)時(shí)所學(xué)的中醫(yī)知識(shí)中西醫(yī)結(jié)合治療病兒。時(shí)毓民教授后來走上中西醫(yī)結(jié)合的道路，成為第二屆、第六屆全國(guó)名老中醫(yī)專家學(xué)術(shù)經(jīng)驗(yàn)繼承班導(dǎo)師，上海市名中醫(yī)，上海市中醫(yī)領(lǐng)軍人才導(dǎo)師，2017年國(guó)家中醫(yī)藥管理局批準(zhǔn)成立時(shí)毓民名老中醫(yī)傳承工作室。蔡德培教授成為全國(guó)知名的中西醫(yī)結(jié)合小兒內(nèi)分泌專家。醫(yī)院注重團(tuán)隊(duì)建設(shè)和人才培養(yǎng)，培養(yǎng)了大批接班人，俞建教授為十二五上海市中醫(yī)領(lǐng)軍人才、十三五上海市中醫(yī)領(lǐng)軍人才共同導(dǎo)師、汪永紅主任獲評(píng)第三批全國(guó)名老中醫(yī)專家學(xué)術(shù)經(jīng)驗(yàn)繼承工作優(yōu)秀繼承人。

60年代，中醫(yī)科與西醫(yī)合作，開設(shè)中西醫(yī)結(jié)合腎臟病門診，制定小兒腎病綜合征不同階段的中醫(yī)治療原則和方案，研究出一系列的院內(nèi)制劑，2006年中醫(yī)科與腎病風(fēng)濕科合作，成立中西醫(yī)結(jié)合病區(qū)，聯(lián)合查房、門診和科研。70年代，又聯(lián)合西醫(yī)，開設(shè)消化疾病門診，按照小兒消化系統(tǒng)疾病不同證侯，辨證制訂了消化系列方，應(yīng)用于臨床，獲得良好效果。80年代初 兒童性早熟：八十年代初已故老中醫(yī)顧文華教授在全國(guó)首先提出兒童性早熟的中醫(yī)病機(jī)在于“腎陰虛，相火旺”，采用滋陰瀉火中藥為主治療兒童性早熟，經(jīng)過時(shí)毓民、蔡德培領(lǐng)銜的研究小組的不斷努力和改進(jìn)下，制訂出一整套治療小兒性早熟的中西醫(yī)結(jié)合方案，研制出系列治療性早熟的方劑，如兒早丸、早熟1號(hào)、早熟2號(hào)等，臨床治療小兒性早熟獲得良好療效。1987年在全國(guó)首先開設(shè)性早熟?？崎T診，1995年，被上海市衛(wèi)生局批準(zhǔn)為特色門診；2001年，經(jīng)過全市性的擂臺(tái)，榮獲上海市中醫(yī)特色?？?， 2004年6月通過優(yōu)秀專科鑒定并掛牌。2004年治療性早熟的系列方案“調(diào)整性早熟兒童青春發(fā)育進(jìn)程和改善骨骼發(fā)育的中藥制劑”申請(qǐng)了國(guó)家發(fā)明專利。近十年承擔(dān)及完成了國(guó)家自然基金10余項(xiàng)，衛(wèi)生部、上海市多項(xiàng)科研課題，成果先后獲2001年、2005年、2007年獲上海市科技進(jìn)步獎(jiǎng)、中國(guó)中西醫(yī)結(jié)合學(xué)會(huì)科技進(jìn)步獎(jiǎng)，2010年作為主要參與者之一，獲國(guó)家科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)，2010年開始創(chuàng)建上海市達(dá)標(biāo)中醫(yī)科項(xiàng)目，2011年中醫(yī)科獲評(píng)國(guó)家臨床重點(diǎn)專科-中醫(yī)兒科。

90年代初，中醫(yī)科又開始開設(shè)厭食?？疲捎弥嗅t(yī)辨證和針灸（刺四縫）相結(jié)合的方法治療小兒厭食等消化系統(tǒng)疾病。遺尿?qū)？撇捎弥兴帪橹?，中西醫(yī)結(jié)合的方法診療遺尿患兒。2000年，開設(shè)青春期月經(jīng)病門診，采用中西醫(yī)結(jié)合的方法，進(jìn)行青春期月經(jīng)病的診療。2001年與腎臟科、泌尿科聯(lián)合成立復(fù)旦大學(xué)附屬兒科醫(yī)院遺尿診療中心。消化專科門診采用中西醫(yī)結(jié)合的方法治療小兒慢性腹瀉、胃竇炎等。 2001年，“補(bǔ)腎中藥調(diào)整性早熟兒童青春發(fā)育進(jìn)程和改善骨骼發(fā)育的作用及機(jī)理”獲上海市科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)。 2004年，“調(diào)整性早熟兒童青春發(fā)育進(jìn)程和改善骨骼發(fā)育的中藥制劑”（2004-RY01-193）獲國(guó)家發(fā)明專利。2006年，與腎病風(fēng)濕科聯(lián)合，掛牌成立上海唯一的中西醫(yī)結(jié)合兒科腎病病區(qū)。2007年，“兒童性早熟中醫(yī)藥臨床干預(yù)、診療規(guī)范及機(jī)理研究”獲中西醫(yī)結(jié)合學(xué)會(huì)科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)。2011年，進(jìn)入上海市達(dá)標(biāo)中醫(yī)科建設(shè)。2011年 獲評(píng)衛(wèi)生部-國(guó)家臨床重點(diǎn)?？?中醫(yī)兒科 ，中醫(yī)兒科相關(guān)疾病協(xié)作組組長(zhǎng)身份，牽頭“小兒性早熟”、“小兒汗證”等診療方案、指南及臨床路徑建設(shè)，并在醫(yī)、教、研諸方面取得相應(yīng)的成績(jī)。 2017年，開設(shè)小兒針推外治門診，推廣針刺、敷貼等外治療法治療小兒常見病以及雜病。 2017/2018年，中藥分期論治方案治療兒童哮喘的隨機(jī)對(duì)照研究獲上海市中西醫(yī)結(jié)合科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)、中國(guó)中西醫(yī)結(jié)合學(xué)會(huì)科學(xué)技術(shù)獎(jiǎng)三等獎(jiǎng)。 2021年起，進(jìn)入上海市中西醫(yī)結(jié)合旗艦醫(yī)院、復(fù)旦兒科醫(yī)聯(lián)體網(wǎng)絡(luò)全覆蓋項(xiàng)目建設(shè)，期間開始增設(shè)小兒中醫(yī)肥胖癥門診、中醫(yī)多動(dòng)抽動(dòng)門診等專病門診；俞建主任當(dāng)選第七批全國(guó)老中醫(yī)藥專家學(xué)術(shù)經(jīng)驗(yàn)指導(dǎo)老師，孫雯等為第一批學(xué)術(shù)繼承人。 2022年起，俞建主任擔(dān)任中國(guó)中西醫(yī)結(jié)合學(xué)會(huì)兒科專業(yè)委員會(huì)主任委員，成為中國(guó)中西醫(yī)結(jié)合學(xué)會(huì)兒科專業(yè)委員會(huì)主委單位，指導(dǎo)、引領(lǐng)全國(guó)中西醫(yī)結(jié)合兒科的發(fā)展。